[R] Survfit object으로 Survival curve 그리기

인터넷이 되지 않는 곳에서 패키지 설치가 어려울때 R에서 생존분석 결과(생명표)만 반출해서 집에서 Survival curve를 그리고 커스터마이징 하는방법

 

0. 필요한 패키지

library(survival)
library(survminer)

 

1. 생존분석 결과 반출

fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung) #생존분석
res <- summary(fit)
save.df <- as.data.frame(res[c("strata", "time", "n.risk", "n.event", "surv", "std.err", "lower", "upper")]) #생존분석 결과 object를 반출
write.csv(save.df, file = "./Result.csv") 

 

2. 생존분석 결과 object파일 (csv)으로 survival curve 그리기

 fit2 <- read.csv("./Result.csv",header=T)
ggsurvplot_df(fit2)

여기서 fit2는 데이터 프레임인데  time: survival time, surv: survival probability, strata: grouping variables, n.censor: number of censors, upper: upper end of confidence interval, lower: lower end of confidence interval 의 변수가 있어야 한다.

구체적인 커스터마이징은 ggsurvplot의 명령어와 동일한것 같다.

 

참고 : https://rpkgs.datanovia.com/survminer/reference/ggsurvplot_df.html